Les années 1960 sont marquées par une importante vague de contestation chez la jeunesse: mouvement hippie, revendications nationalistes, émergence de groupes d'influence marxistes, etc. À l'échelle mondiale, c'est l'époque des manifestations étudiantes de Mai 1968 et de l'opposition à la guerre du Vietnam.
Au Québec, Percé constitue un important lieu de rassemblement de cette jeunesse contestataire. Des artistes, tels que Robert Charlebois, Claude Dubois et Plume Latraverse, fréquentent également l'endroit.
À l'été 1969, on voit apparaître la maison du pêcheur de Percé. Cette auberge de jeunesse vise d'abord à héberger les jeunes voyageurs québécois mais constitue également un lieu d'échange et d'éducation politique.
Les revendications des résidents de la maison du pêcheur créent des tensions avec les autorités locales et les marchands de l'endroit. Ils craignent notamment que la présence de ces jeunes contestataires ne nuise à la venue des touristes, principalement des Américains. Le conseil municipal de Percé demandera même aux pompiers d'intervenir avec des lances d'incendie pour "nettoyer" l'endroit.
C'est à la maison du pêcheur de Percé que se rencontrent les différents membres de la cellule Chénier du Front de libération du Québec (FLQ): Paul Rose, Jacques Rose, Francis Simard et Bernard Lortie.
L'année suivante, la crise d'Octobre éclate avec l'enlèvement du diplomate britannique James Richard Cross par un premier groupe felquiste, la cellule Libération. De son côté, la cellule Chénier kidnappe le ministre du Travail et de l'Immigration, Pierre Laporte. À la demande de Robert Bourassa, le gouvernement fédéral fait appel à l'armée et proclame la Loi sur les mesures de guerre. Cette loi permet aux autorités de faire des perquisitions et d'arrêter des centaines des personnes ayant présumément des liens avec le FLQ.
Le 17 octobre, le corps de Pierre Laporte est retrouvé sans vie dans le coffre d'une voiture à Saint-Hubert. Arrêtés en décembre 1970, les membres de la cellule Chénier seront traduit en justice. Ils seront reconnus coupables de différents chefs d'accusation et écoperont de peines allant de 8 ans de prison, à la prison à perpétuité. Ils seront remis en liberté à la fin des années 1970 et au début des années 1980.