Il fit ses études théologiques à Rimouski, au Grand Séminaire des Sulpiciens de Montréal puis au Grand Séminaire de Québec. Il est ordonné prêtre en 1924 par Mgr Ross et étudie par la suite à Rome en vue d'un doctorat.

En 1927, il revient à Gaspé où il devient aumônier à l'Hôtel-Dieu et, en 1928, il est nommé curé de la paroisse St-Albert de Gaspé. En 1934, il est chargé par Mgr Ross de préparer les fêtes du quatrième centenaire de l'arrivée de Jacques Cartier à Gaspé. Par le suite il obtient un doctorat en philosophie et une licence en droit canonique.

De 1937 à 1981, il est curé à Percé, supérieur du Séminaire de Gaspé, curé de Carleton puis de Pointe-à-la-Garde. Il fut aussi recteur de l'oratoire du mont St-Joseph à Carleton.

Charles-Eugène Roy est l'auteur de plusieurs ouvrages à caractère religieux et historiques. On lui doit notamment des monographies sur l'histoire de Percé et Gaspé. En 1981, il prend logement à la résidence St-Joseph à Maria où il décède en 1990.