La Société historique de la Gaspésie a été fondée en 1962 par les abbés Claude Allard et Michel Lemoignan. Il s'agit d'un organisme privé, à but non lucratif, dont les principaux objectifs sont de: 1) Colliger et conserver tous les ouvrages, documents et objets pouvant servir à l'histoire de la Gaspésie; 2) Étudier et faire connaître l'histoire régionale; 3) Publier une revue historique.
La présidence a d'abord été confiée à Michel Lemoignan (1962-1970, 1973-1976). Par la suite, le poste de président a été occupé par Cornélius Brotherton (1970-1972), Jules Bélanger (1976-1995), Michel Desjardins (1995-2000), Bernard Major (2000-2001) et Yvan Landry (2001-).
Dès 1963, la société historique lance une revue consacrée à l'histoire, au patrimoine et à la culture gaspésienne. Publiée depuis plus quarante ans, elle porte différents noms au cours de son histoire: "Revue d'histoire de la Gaspésie" (1963-1974), "Revue d'histoire et de traditions populaires de la Gaspésie" (1975-1980), "Gaspésie" (1981-1994) et "Magazine Gaspésie" (1995-).
Jusqu'en 1980, le poste de rédacteur en chef a été occupé par Claude Allard. La relève a ensuite été assumée par Pierre Rastoul (1980-1981), Jean-Marie Fallu (1982-1989, 1991-1993, 2004-2009), Gilles Soucy (1989-1991), Laurier Côté (1995-1999), Louise Langevin (1999-2001), Sylvie Laperrière (2002) et Pascal Alain (2003-2004).
Dès sa fondation, la société historique amasse des publications, des archives et des objets avec l'objectif de créer un musée. Le projet prend véritablement son envol au début des années 1970: démarches auprès du ministère des Affaires culturelles, études, recherche de financement, acquisition des terrains. En 1973, la préparation des plans est confiée à l'architecte rimouskois Gaston Martin. L'année suivante, l'ethnologue-muséologue Tadeusz Chwojka amorce des recherches sur le terrain afin de collecter des objets représentatifs de la culture gaspésienne.
Le 17 juin 1977, la société historique inaugure officiellement le Musée régional d'histoire et de traditions populaires de Gaspé. «Jour de liesse et de fierté», témoigne M. Jules Bélanger, acteur de premier plan dans la création du musée. «Pour la première fois, les Gaspésiens ont accès à un service muséal de qualité professionnelle. La belle et vieille histoire de la Gaspésie se voit enfin remettre ses lettres de noblesse.»
Le bâtiment, évoquant un navire, comprend trois salles d'expositions, une bibliothèque et des réserves servant à l'entreposage des objets et des archives. Le nouveau musée régional est situé en bordure de la baie de Gaspé, à proximité de l'endroit où Jacques Cartier planta une croix en 1534.
Sur le site du musée, viendra ainsi s'ajouter, en 1982, un monument soulignant cette prise de possession du territoire au nom du roi de France.
C'est d'abord à Tadeusz Chwojka qu'est confié le poste de directeur du musée (1973-1978). Par la suite, la direction générale sera assurée par Pierre Rastoul (1979-1981), Jean-Marie Fallu (1982-1989, 1991-1997), Cécile Gélinas (1989-1991), Jean Lavoie (1997-2006), Carlos Suich (2003-2006) et Sébastien Lévesque (2006-).
En décembre 1981, le musée procède au lancement du livre "Histoire de la Gaspésie", premier ouvrage de la collection "Les régions du Québec". L'année suivante, on crée la Fondation de la Société historique de la Gaspésie dont l'objectif est de soutenir financièrement les activités du musée. Au cours de son histoire, le Musée de la Gaspésie a d'ailleurs pu compter sur la générosité de nombreux donateurs, dont l'homme d'affaires gaspésien Jean-Louis Lévesque.
L'année 1984 est marquée par plusieurs événements: fêtes du 450e anniversaire de l'arrivée de Jacques Cartier, lancement de la série "Cahiers Gaspésie Culturelle", dévoilement de l'exposition "Un peuple de la mer" et création du "Prix du mérite culturel gaspésien". En 1987, on lance "Gaspésie, une histoire de mer", une exposition itinérante qui circulera dans sept provinces canadiennes.
En 1990, le service d'archives de la société historique, le Centre d'archives de la Gaspésie, est agréé par le ministère des Affaires culturelles. L'agrément vient reconnaître le professionnalisme de l'institution et l'importance des documents qui y sont conservés. Le Centre d'archives de la Gaspésie est encore aujourd'hui le seul service d'archives privées agréé de la péninsule.
En 1995, le vocable de Société historique de la Gaspésie disparaît. Le musée, la société historique, la revue d'histoire et le centre d'archives sont alors regroupés sous l'égide du Musée de la Gaspésie.
L'année 2009 représente une date importante. Après plusieurs années d'efforts, le projet d'agrandissement et de rénovation du musée voit enfin le jour. Dans un édifice d'architecture contemporaine, il profite de tout nouveaux espaces pour l'accueil, la boutique, les expositions, les collections et les archives.
Depuis sa fondation, le Musée de la Gaspésie a présenté 453 expositions dont 186, soit 41 %, ont été conçues et réalisées sur place. Sa collection comprend plus de 5000 objets ethnographiques, artistiques, scientifiques et archéologiques.
Le musée conserve également les fonds d'archives de près de deux cents individus et organismes gaspésiens. Cela représente 490 mètres linéaires de documents textuels, 56 000 photographies, 845 heures d'enregistrements sonores, 196 heures d'images animées et 900 cartes et plans.